(一)對人體的毒性累計作用
由于獸藥殘留濃度一般很低，加上人們食用數(shù)量有限，大多數(shù)藥物并不能由于殘留引起急性中毒，但少數(shù)藥物如鹽酸克倫特羅殘留可引起人急性中毒。人們長期攝人含獸藥殘留的動物性食品后，藥物不斷在體內(nèi)蓄積，不會被人體代謝掉，當(dāng)濃度達(dá)到一定量后就對人體產(chǎn)生毒性作用。
(二)引起人體的變態(tài)反應(yīng)
由動物源產(chǎn)品中藥物殘留引起的變態(tài)反應(yīng)對人體健康的危害性越來越受到公眾的關(guān)注。當(dāng)這些抗菌藥物殘留于肉食品中進(jìn)入人體后，就使部分敏感人群致敏，產(chǎn)生抗體。致敏個體再接觸這些藥物或用于治療時，這些藥物就會與抗體結(jié)合產(chǎn)生抗原抗體復(fù)合物，發(fā)生變態(tài)反應(yīng)。在我國，因食用牛奶后出現(xiàn)皮膚過敏和蕁麻疹的病例屢見不鮮，這主要是由于治療奶牛乳腺炎時不遵守棄乳期規(guī)定，造成牛奶中藥物殘留引起的。
(三)致癌、致畸、致突變作用
許多國家規(guī)定,在人的食物中不允許含有任何量的已知致癌物。對曾用致癌物進(jìn)行治療或飼喂過的食品動物，屠宰時其食用組織中不允許有致癌物的殘留。當(dāng)人們長期食用藥物殘留的動物性食品時，這些殘留物便會對人體產(chǎn)生危害，或在人體中蓄積，*終產(chǎn)生致癌、致畸、致突變作用。 
(四)對胃腸道菌群的不利影響
正常機體內(nèi)寄生著大量菌群，如果長期與低劑量的抗菌藥物殘留接觸，就會抑制或殺滅敏感菌，耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破壞，使機體易發(fā)感染性疾病。
(五)對人體內(nèi)細(xì)菌耐藥性增加
近年來，由于抗菌藥物的廣泛使用,細(xì)菌耐藥性不斷增強，而且很多細(xì)菌由單藥耐藥發(fā)展到多重耐藥?？咕幬餁埩粲趧游镄允称分?，同樣使人也與藥物接觸，導(dǎo)致人體內(nèi)耐藥菌增加，給臨床診治疾病帶來困難。
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